Ekspozycje związane z historią Pułtuska prezentowane są: w wieży ratuszowej: Średniowieczne proto-miasto w Pułtusku. Multimedialna ekspozycja z dziejów kasztelanii majątkowej biskupstwa płockiego (przedstawia najdawniejsze dzieje miasta) oraz w kamienicy przy ul. Rynek 36: Dzieje Pułtuska w XVII-XX w.
Ta druga ukazuje losy miasta od czasów jego świetności, gdy pozostawał jednym z trzech najważniejszych ośrodków na Mazowszu, przez trudny okres zaborów, gdy rola Pułtuska malała, aż do czasów obecnych, w których, pełne potencjału i zaplecza w postaci unikatowych zabytków, stara się budować swoje znaczenie jako miasto turystyczne, łączące tradycje z nowoczesnością.
Na początku XVII w. Pułtusk przeżywał swój „złoty wiek”. Obok Płocka i Warszawy tylko on posiadał mury miejskie. Był siedzibą biskupów płockich, którzy otaczali mecenatem artystów, rzemieślników, studentów. Kolegium jezuickie istniejące od 1566 r. przygotowywało do studiów wyższych nawet 900 uczniów jednocześnie. Miasto nad Narwią przodowało w spławie zboża i drewna do Gdańska. Gdańscy kupcy utrzymywali tu swoje faktorie handlowe. Rozwijały się cechy rzemieślnicze. Kwitła kultura – działał teatr. Pułtusk odwiedzały koronowane głowy, a szkołę kończyły wybitne postacie, których działalność trwale zapisała się na kartach historii.
Okres ten został brutalnie przerwany wybuchem wojen ze Szwecją. Miasto wielokrotnie plądrowane, mimo prób odbudowy i przywrócenia świetności, nie zdołało odzyskać dawnego znaczenia. W okresie zaborów zostało zepchnięte do roli miasta prowincjonalnego, jednak do dziś może poszczycić się ogromną ilością zabytków świadczących o jego dawnej świetności.
Na wystawie prezentujemy m.in. najstarsze panoramy miasta pochodzące z połowy XVII w. i początku XVIII w., tłoki pieczętne pułtuskiej kapituły kolegiackiej oraz cechów rzemieślniczych, czy serię akwarel powstałych w połowie XIX w. w czasie wielkiej inwentaryzacji zabytków Królestwa Polskiego prowadzonej pod kierunkiem Kazimierza Stronczyńskiego. Ponadto przybliżamy postać malarza Teofila Kwiatkowskiego, eksponując cztery prace artysty. W gablotach prezentujemy 13 odłamków meteorytu Pułtusk, który spadł w okolicach miasta w największym w historii deszczu meteorytów kamiennych. Na wystawie ukazany jest również pożar Pułtuska w lipcu 1875 r. To tragiczne wydarzenie zostało upamiętnione na kartach powieści Quo vadis? Henryka Sienkiewicza, który przybył w tym czasie do Pułtuska, jako korespondent „Gazety Polskiej” w celu napisania relacji. Obserwując żywioł, który strawił 2/3 miasta pisarz zdobył doświadczenie, które zainspirowało go do opisania pożaru Rzymu.
Ekspozycja została ujęta osią czasu, na której zaprezentowane zostały najważniejsze wydarzenia z historii miasta.
